La temporada 1966-67 por fin se alcanzó una ansiada final de Copa que no se conseguía desde trece años antes, consiguiendo así la Copa de 1966-67. Se eliminó a Cádiz, Betis, Real Madrid y Elche, y la final supuso la cuarta Copa de la historia del club, camisetas futbol store opiniones disputada en el Santiago Bernabéu el 2 de julio de 1967 contra el Atlético de Bilbao y con victoria final por 2-1 con goles de Jara y Paquito. Esta temporada debutó además un joven de 21 años que fue una leyenda del club, Antonio Puchades, hermano de un periodista llamado Carles Pla Puchades. Debutaron con el equipo jóvenes futbolistas de leyenda como Pep Claramunt o Juan Cruz Sol. El técnico Mundo dimitió tras la quinta jornada y se contrató a Joseíto para el resto de temporada, y nombró capitán al joven Juan Cruz Sol. No pudo estrenarse mejor al empezar eliminando al Nottingham Forest con un 2-0 en Mestalla (con Waldo anotando los dos primeros goles europeos en la historia del club) y un contundente 1-5 en Inglaterra, y posteriormente al Lausanne suizo, al potente Inter de Milán (con doblete de goles del joven canterano Guillot en la ida) y al MTK Budapest en semifinales con dos goleadas por 3-0 y 3-7 (con tres goles del uruguayo Héctor Núñez, dos de Waldo y otros dos de Guillot).
Fue el 20 de junio frente al Barcelona y el resultado fue un contundente 3-0 con dos goles de Fuertes y uno de Badenes. En la temporada 1947-48 el equipo fue líder casi toda la segunda vuelta pero justo al final dejó escapar el campeonato al perder en la penúltima jornada frente al Barcelona en Mestalla, y luego los resultados en la última jornada no le fueron favorables. Pero si algo marcó esta temporada fue el desastre de la Gran Riada que sufrió Valencia el 14 de octubre de 1957 al desbordarse el río Turia y provocar enormes destrozos. El presidente Vicente Iborra Gil dimitió ese verano por motivos de salud y con la presidencia de Julio de Miguel llegó la incorporación del brasileño Waldo, uno de los mejores delanteros de la historia del club, y llegó también la primera participación oficial del club en competiciones europeas al solicitar su participación en la Copa de Ferias, torneo organizado por directivos de la FIFA y la UEFA enfrentando a ciudades europeas que organizasen ferias de muestras internacionales, y Valencia disponía de su feria muestrario desde 1917, por lo cual fue incluida en la competición. En los dos años posteriores se alcanzaron los octavos de final en la Copa de Ferias, eliminados en ambas ocasiones por el Leeds United.
Los años 60 empezaron con una irregular temporada a las órdenes del técnico Domingo Balmanya y con Vicente Iborra Gil como presidente, aunque se mejoró durante la segunda vuelta y se terminó en quinta posición. La siguiente temporada fue floja en liga, pero se alcanzaron unas asfixiantes semifinales en Copa contra el F. C. Barcelona que debieron decidirse con un tercer partido de desempate, en un calendario cargado de partidos, y que terminó decantándose por los culés. En la final a doble partido el rival fue el Barcelona, pero a causa del mundial no se pudo disputar hasta septiembre, lo que hizo que hubiera cambios en ambos equipos, como el del técnico valencianista que pasó a ser el argentino Alejandro Scopelli, que sustituyó a Domingo Balmanya que declinó renovar su contrato. En la vuelta se perdió 1-0 y el equipo se clasificó de nuevo para la final contra el Dinamo Zagreb yugoslavo. Los rivales eliminados fueron los escoceses Celtic Glasgow y Dunfermline Athletic FC, estos últimos en una durísima eliminatoria que terminó igualada a seis goles (4-0 en Mestalla y 6-2 para los escoceses en la vuelta) y tuvo que decidirse con un partido de desempate en Lisboa que terminó con victoria valencianista con un gol del histórico central valenciano Manolo Mestre.
El equipo no pudo disputar un partido como local hasta diciembre, pero en la segunda vuelta remontó el vuelo. Poco después se disputaría un partido homenaje a él con los beneficios para su familia, y se disputó también la segunda edición del Trofeo Naranja que esta vez sí ganó el Valencia frente a Botafogo y F. C. Barcelona. El 13 de agosto de 2014 asistió en el primer gol y marcó el segundo frente al Bayern Múnich en la Supercopa de Alemania, revalidando así el título del año anterior. Pero el Barcelona dominó la Liga española y el 14 de mayo de 2005, poco antes de cumplirse su segundo año de mandato presidencial, el equipo se proclamó campeón de Liga. Pero la temporada pasará a la historia por la segunda participación del club en la Copa de Ferias y su segundo triunfo. Esa temporada el equipo realizaría una excelente campaña, certificando el 13 de mayo de 2012 su clasificación a la fase previa de la Liga de Campeones de la UEFA tras terminar 4° en la Liga 2011/2012; hasta ahora la mejor clasificación del club en Primera.